步入21世纪，在腹地经济持续快速增长的支撑下，广州港快速发展，从2004年开始连续3年，港口货物吞量保持每年以5000万吨的速度增长；2006年港口货物吞吐量突破3亿吨，居中国沿海港口第三位，世界港口第五位；集装箱吞吐量达到666万标准箱，居全国第五。至今，广州港已通达世界80多个国家和地区的350多个港口以及国内100多个港口。 广州的码头分布特别复杂按区域分主要有黄埔港口、广州内港、番禺区港口，并且管辖海关也不同，需要特别留意。
旧港码头： 永业、嘉利、 旧港大码头、 乌冲 、广裕码头(庙沙围） 、集通、庙头（太平洋、建翔）
新港码头： 集司、东江仓（东江外运码头）、穗港、全通（省农资仓）、市港澳（东江口）、广保通
2>广州内港：
3>番禺区码头：莲花山港
4>南沙老港码头（南伟码头、东发码头）
黄埔港区分布在广州市以东，珠江跟东江的交汇处。由于所处的行政区域是广州市的黄埔区， 所以大家很自然会将黄埔的码头统称为黄埔港。在黄埔地区总共有13个码头，其中7个分布在老港港区，另外6个分布在新港港区（广州经济技术开发区内）。分布在黄埔老港港区的7个码头自西向东分别为：永业码头，嘉利码头，旧港大码头；乌冲口码头；广裕码头；庙头码头；建翔码头；上述的这些码头都是归属黄埔老港海关管辖。其中旧港大码头是属于广州港务局所有，乌冲口码头是属于中外运公司所有， 广裕码头属于中远集团所有， 其他的码头或多或少多有民营的成分。至于在黄埔新港港区的6个码头则是以东江与珠江的交汇处向东江里面延伸的。由下到上的码头排列分别是集司码头，东江仓码头，穗港码头，全通码头，市港澳码头，以及广保通码头。 期中穗港码头隶属开发区海关管辖；广保通码头隶属于保税区海关管辖；剩下的四个码头隶属于黄埔新港海关管辖。另外集司码头现在为广州港务局与新加坡港务集团的合营企业，东江仓是属于中外运公司所有；穗港码头是一个客货两用码头，有飞翔客船服务直达香港。开发区海关跟保税区海关都隶属于黄埔新港海关， 但是所管辖的码头不能直接向黄埔新港海关直接申报货物的进出口。而黄埔老港海关与黄埔新港海关够成黄埔关区。该关区内的拖车是自由的，不存在转关的需要，但是只要是从广州海关管辖的码头进入黄埔海关管辖的码头就必须转关。